Il corpo dello strumento è costituito da una cassa armonica, lunga circa due metri e larga tra i 24 ed i 25 cm, costruita, in genere, con legname di Paulownia (Paulownia Tomentosa o kiri, in giapponese). Su di essa corrono tredici corde di uguale diametro ed aventi stessa tensione, ognuna delle quali poggia su di un ponticello mobile (ji).

Il koto viene suonato poggiandolo sul terreno tramite quattro piccoli piedi di legno. Il suonatore si pone in ginocchio o seduto di fronte ad esso e pizzica le corde tramite l’ausilio di tre plettri (tsume) fissati al pollice, all’indice e al medio della mano destra. Di solito la mano sinistra non viene utilizzata per suonare ma per produrre una serie di abbellimenti agendo sulle corde, tendendole.